Ziemia nowogrodzka w składzie Wielkiego Księstwa Moskiewskiego i Carstwa Rosyjskiego W XIV w. zaczął na Rusi Północnej rosnąć wpływ Wielkiego Księstwa Moskiewskiego, którego władcy od Iwana Kality rozpoczęli politykę jednoczenia ziem ruskich pod swoim berłem. W 1478 r. Nowogród został zdobyty przez wielkiego księcia moskiewskiego Iwana III Srogiego i wcielony do Wielkiego Księstwa Moskiewskiego. W jego ramach miasto Nowogród cieszyło się specjalnymi przywilejami, sukcesywnie jednak ograniczanymi. Iwan przesiedlił największe rody z miasta na obszar swoich włości nad Wołgą. Przesiedleńcy byli faktycznymi twórcami miasta Niżny Nowogród. W 1494 r. zamknięto w mieście kantor Hanzy.

Za panowania Iwana IV Groźnego doszło do wstrzymania przywilejów miejskich, co skłoniło radę miejską Nowogrodu do tajnych pertraktacji z Litwą. Car wysłał przeciwko grodowi karną ekspedycję, która w styczniu i lutym 1570 wymordowała od 3 do 60 tys. ludziOstatni liczba mocno wątpliwa, według Władysława Serczyka liczba wymordowanych mieściła się w przedziale 25 - 40 tys. [w:] Władysław A. Serczyk;