W wyniku reformy administracyjno-terytorialnej w Wielkim Księstwie Litewskim w połowie XVI wieku osada weszła w skład powiatu mińskiego województwa mińskiego.
W czasie wojny polsko-rosyjskiej w latach 1654-1667 świątynia spłonęła, w 1730 wybudowano nowy drewniany kościół katolicki i konsekrowano ku czci Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Świątynia ta została zniszczona podczas II wojny światowej. Oprócz katolików Korzeń zamieszkiwała także ludność prawosławna, jednak ze względu na brak własnej cerkwi prawosławni odprawiali obrzędy w kościele.
W wyniku II rozbioru Polski w 1793 r. Korzeń znalazł się w granicach Imperium rosyjskiego, w powiecie dokszyckim, a od 1796 r. w powiecie borysowskim.
W 1919 r. Korzeń wszedł w skład BSRR, gdzie 20 sierpnia 1924 r. stał się siedzibą sielsowietu. W 1960 r. sielsowiet zlikwidowano i przyłączono do sielsowietu Hajna.
Od 1941 r. do 1944 r. Korzeń znajdował się pod okupacją niemiecką. Wśród ofiar hitlerowskiej akcji karnej w Chatyniu, która miała miejsce 22 marca 1943 r., większość stanowili wierni parafii rzymskokatolickiej wsi Korzeń, do której w tym czasie należała również wieś Chatyń.