Finaliści Pucharu Estonii 2021 byli rozlosowani z numerami 1 albo 2Ze względu na to, że finalista Pucharu Estonii 2021 – Selver Tallinn – stworzył wspólną drużynę z TalTech, jego miejsce w rozstawieniu zajął wicemistrz Estonii – Pärnu VK., pozostali uczestnicy ligi bałtyckiej – z numerami 3 lub 4, natomiast drużyny z I ligi, które zgłosiły się do rozgrywek – z numerami od 5 do 10.

Drużyny wylosowane z numerami od 7 do 10 rozgrywki rozpoczynały od 1. rundy, pozostałe zespoły natomiast od ćwierćfinałów.

1. runda, ćwierćfinały i półfinały grane były w postaci dwumeczów. O awansie decydowała liczba zdobytych punktów meczowych. Za zwycięstwo 3:0 lub 3:1 drużyna otrzymywała 3 punkty, za zwycięstwo 3:2 – 2 punkty, za porażkę 2:3 – 1 punkt, natomiast za porażkę 1:3 lub 0:3 – 0 punktów. Jeżeli po rozegraniu dwumeczu obie drużyny miały taką samą liczbę punktów, rozgrywany był tzw. złoty set grany do 15 punktów z dwoma punktami przewagi jednej z drużyn.

Zwycięzcy w parach półfinałowych rozegrali jedno spotkanie finałowe o Puchar Estonii. Nie odbywał się mecz o 3.