Struktury organizacyjne Sądy apelacyjne funkcjonują w strukturach sądów powszechnych, które rozstrzygają w drugiej instancji środki odwoławcze od orzeczeń okręgowych sądów, które wydawane są w pierwszej instancji.
Dotyczy to spraw z zakresu: prawa cywilnego – również gospodarczego, rodzinnego i opiekuńczego przez Wydział I Cywilny, prawa karnego – przez Wydział II Karny, prawa pracy i ubezpieczeń społecznych – przez Wydział III Pracy i Ubezpieczeń Społecznych, sprawowanie nadzoru nad działaniem administracyjnym powszechnych sądów, działalnością notariuszy i organów notarialnego samorządu, działalnością komorników.
W Sądzie Apelacyjnym w Gdańsku utworzono następujący wydziałyWydziały: Wydział I Cywilny, Wydział II Karny, Wydział III Pracy i Ubezpieczeń Społecznych, Wydział IV Wizytacji, Wydział V Cywilny.