Nalot Około godziny 15:00 lub 16:00 nad miasto nadleciały samoloty Luftwaffe. Według relacji świadków cywile byli przekonani, że były to samoloty lotnictwa polskiego i pozdrawiali je. Niemieckie załogi zrzuciły bomby na dworzec kolejowy, a następnie zawróciły i zbombardowały stojący na bocznicy pociąg. W wyniku nalotu zniszczeniu uległ tender oraz pierwsze wagony składu. Gdy pasażerowie zaczęli opuszczać wagony i uciekać do odległego około 200 metrów lasu, samoloty obniżyły lot oraz rozpoczęły ostrzał uciekających z broni pokładowej. W wyniku bombardowania zapadł się dach budynku dworca, zginęło ponad 100 osób, kilkaset osób zostało też rannych.
Pierwszym lekarzem, który przybył na miejsce zdarzenia, był Żyd, dr. Ignacy Pfeffer. W akcji ratunkowej brała udział młodzież oraz mieszkańcy miasta, którzy prywatnymi wozami, wózkami i dorożkami przewozili rannych oraz ciała do kolskiego szpitala. Gdy w szpitalu w Kole zabrakło miejsc, ranni byli również przewożeni do szpitala w Koninie.