16 marca 1682 (do Chin brewe dotarło znacznie później) Innocenty XI podzielił terytorium południowych Chin pomiędzy dwóch wikariuszy, natomiast pozbawiony jurysdykcji bp François Pallu MEP został generalnym administratorem misji chińskich. W lipcu 1684 Pallu wyznaczył della Chiesa prowikariuszem dla pięciu z dziewięciu prowincji wymienionych w brewe papieskim. Pozostałe cztery otrzymał o. Charles Maigrot MEP. W 1684 zmarło dwóch z wikariuszy - bp Pallu i Josephus Duchesne. W styczniu 1685, gdy della Chiesa dowiedział się o śmierci bpa Pallu, którego był koadiutorem, objął funkcje wikariusza apostolskiego dla wszystkich dziewięciu prowincji, według zapisów brewe, o którym wiedział. Jednak z Rzymu nadchodziły kolejne brewe, zmieniające zakres jurysdykcji oraz nominujące nowych wikariuszy. Chaos potęgował dodatkowo brak informacji w Rzymie o śmierciach hierarchów, którzy już pośmiertnie otrzymywali nowe obowiązki i w chwili dotarcia dekretów do Chin, powodowało to konflikty o podział jurysdykcji otrzymanych przez nieżyjących już biskupów, m.in. pomiędzy della Chiesą i Maigrotem.
Pomimo problemów della Chiesa w latach 1685-1690 odbył trzy długie podróże po prowincjach znajdujących się w jego jurysdykcji lub tych które za takie uważał.