Rękopis tej pierwszej wersji dramatu zaginął w nieznanych okolicznościach, na pewno przed 1851 rokiem, bo w tym roku, przed ponownym pisaniem Wandy, a więc w miesiącach letnich, Norwid zabrał się do ponownego napisania dramatu, traktując zaginioną wersję jako studium przedwstępne. Praca nad drugą wersją Krakusa przypadła na okres zerwania przez Norwida związków z Krasińskim, który w tym czasie zaczął go złośliwie obmawiać i ośmieszać w listach do wspólnych przyjaciół i znajomych. Dlatego na pierwszy plan w miejsce wyścigów wysunęło się zerwanie związków braterskich, choć Norwid zastrzegał się, że nie to było jego intencją.

Nic nie wiadomo o rękopisie aż do roku 1860, kiedy to poeta ponownie wziął go na warsztat, uznając zawarte w nim treści za aktualne i pragnąc go możliwie szybko opublikować. Nowe opracowanie misterium polegało raczej na poprawkach redakcyjnych niż zmianie treści. Wymowę polityczną utworu poeta uznał za na tyle nieczytelną dla carskiej cenzury, że zdecydował się wydać dramat w Warszawie i w tym celu w lutym 1861 roku zwrócił się do Józefa Ignacego Kraszewskiego prowadzącego poczytną Gazetę Codzienną. Kraszewski, niechętnie już wówczas odnoszący się do twórczości Norwida, pozostawił list bez odpowiedzi.