Dowództwo zadecydowało, że okręt zostanie przechwycony 4 stycznia. Jednak synoptycy marynarki wojennej podali, że w tym dniu na morzu będzie sztorm, co utrudniłoby, a nawet zagroziłoby przeprowadzeniu desantu ze śmigłowców. Izraelczycy postanowili przełożyć dzień operacji na 3 stycznia, zmieniono także miejsce operacji. Tym razem przejęcie miało nastąpić 500 km od Ejlatu, 40 km od Szarm-el Szejk. Przejęcie miała zostać przeprowadzone w krótkim czasie ze względu na dużą odległość od Izraela oraz ze względu na ograniczenia paliwowe śmigłowców w rejonie operacji.
Przeprowadzenie operacji mały|Uzbrojenie wyładowane ze statku. O godzinie 3:45 rozpoczęto operację, w odległości 150 km od wejścia do Kanału Sueskiego. Śmigłowce UH-60 nadleciały nad statek i rozpoczęły desantowanie komandosów Szejjetet 13. Zajęcie „Karine A” miało trwać siedem lub 10 minut. Załoga statku składała się z dwóch palestyńskich policjantów, trzech obywateli Libanu i pięciu Egiptu. Nie stawiali oni oporu. Strona izraelska również nie poniosła strat. Początkowo komandosi nie potwierdzili, że na pokładzie statku znajdowała się broń. Znaleziono tylko worki z ryżem. Dopiero po przesłuchaniu załogi okazało się, że zapieczętowane w Iranie kontenery i pojemniki z bronią znajdowały się w ładowniach pod dziecięcymi zabawkami.