nie habilitował się jednak, ponieważ w maju 1956 r. został docentem.
Franciszek Wokroj po studiach pracował jako asystent w Zakładzie Etnologii i Antropologii Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie pod kierownictwem Jana Czekanowskiego, w Zakładzie Antropologii Państwowego Uniwersytetu im. Iwana Franko (1940–1941) oraz w Zakładzie Antropologii Uniwersytetu Poznańskiego (od 1945 r.). Był rysownikiem w Zakładzie Geologii Uniwersytetu Lwowskiego, kierownikiem Zakładu Antropologii Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu (1956-1962) oraz Katedry Antropologii Uniwersytetu Poznańskiego. Tytuł profesora nadzwyczajnego nadała mu Rada Państwa w 1962 r. Po śmierci Ireneusza Michalskiego został kuratorem Zakładu Antropologii w Łodzi.
W 1980 r. został honorowym członkiem Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego.