Inicjatywy muzealne były w tym czasie doceniane na arenie krajowej. W 2007 r. Muzeum otrzymało III nagrodę w konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku Sybilla 2006 organizowanym przez Narodowy Instytut Muzealnictwa i Ochrony Zbiorów za projekt edukacyjno-badawczy „Tradycje naszej ziemi – ciągłość i trwanie” w kategorii programy edukacyjne, oświatowo-wychowawcze i promocyjne. W 2010 r. projekt badawczy „Źródła kultury ludowej Puszczy Sandomierskiej – Bojanowskie” otrzymał Ludowego Oskara w konkursie na najciekawsze wydarzenie folklorystyczne w Polsce. W 2013 r. kolejną pierwszą nagrodą Sybilla 2012 (w kategorii konserwacja muzealiów) została nagrodzona praca przy konserwacji wyposażenia kościoła z Rzochowa. W 2018 r. Muzeum zdobyło wyróżnienie w konkursie na Wydarzenie Muzealne Roku Sybilla 2017 w kategorii projekty naukowo-badawcze za projekt pt. „Dziedzictwo kulinarne mieszkańców dawnej Puszczy Sandomierskiej”. Wielkim sukcesem w 2019 r. na innym, nie mniej ważnym polu (działania wizerunkowe i promocyjne), była pierwsza nagroda w organizowanym również przez Narodowy Instytut Muzealnictwa i Ochrony Zbiorów prestiżowym Przeglądzie Muzeum Widzialne za projekt Izabelli Kędzierskiej pt. „Zakorzenienie w tradycji i nowoczesna forma.