Jednakże po upadu Fatymidów ściana kibli została zniszczona, a w jej miejscu ustawiono kolejne nawy.
Rozwój meczetu opierał się na budowaniu nowych struktur i budowli wokół jego obwodu. Dzięki temu budowla wciąż się zmieniała, dlatego niewiele pozostało z oryginalnego wyglądu. Następnie zastąpiono pierwotne ściany meczetu. Pozostały tylko niewielkie części, które zachowały się z czasów Fatymidów. Dzięki temu wiadomo, że początkowo meczet został wybudowany z cegły. Nad północno-zachodnią fasadą znajdują się trzy minarety i kopuła, która znajduje się nad wejściem głównym. Kopuła oraz jeden z minaretów nosi nazwę al-Aqbaghaqijja i wybudowano je w 1339 roku, a następnie wiele razy przebudowywanoN. Rabbat, Al-Azhar Mosque: an architectural chronicle of Cairo’s history,, [w:] G. Necipoğlu (ed.), Muqarnas: an annual on the visual culture of the islamic world. Volume XIII, E.J. Brill, Lejda 1996, s. 46.. Kolejny to Minaret Kajtbaja z 1495 roku oraz olbrzymi Minaret Kansuha al-Ghuriego z 1510 roku, który posiada podwójne zakończenie i kawałki niebieskiego fajansu. Głównym wejściem do meczetu jest Bab al-Muzajinin, którego portal z podwójnym łukiem jest zbudowany z kamienia. W środku nich znajdują się drzwi, które są otoczone kolejnymi łukami.