Począwszy od wiosny 1940 miał miejsce duży napływ więźniów z Polski, głównie ze środowisk inteligenckich (m.in. ks. kapelan Józef Mamica), ponieważ podobóz Gusen ujęto w planie niszczenia polskiej inteligencji w ramach akcji Intelligenzaktion. SS-mani nadzorujący budowę tego obozu w Gusen nazywali go „Vernichtungslager für die polnische Intelligenz” – obóz zagłady dla polskiej inteligencji. W 1940 wśród więźniów Gusen przeważali Polacy, którzy stanowili 97% ogółu więźniów. Do końca funkcjonowania tego obozu Polacy stanowili w nim większość. W Gusen umieszczono także wielu powstańców warszawskich. W obozie zginął m.in. zakatowany na śmierć za odmowę przyznania, że Adolf Hitler jest Bogiem, polski męczennik Edmund Kałas, a także pionier kinematografii, konstruktor i wynalazca Kazimierz Prószyński.
Śmiertelność wśród więźniów wzrastała, co spowodowało zainstalowanie krematoriów już w styczniu 1941. W lutym 1942 przeprowadzono pierwsze zagazowanie więźniów, były to próby na jeńcach radzieckich. W drugiej połowie 1941 miał miejsce napływ dużej liczby jeńców radzieckich. Wśród wielu narodowości były również duże grupy Węgrów i Holendrów. W Gusen oraz w Mauthausen naziści uwięzili również około 450 Świadków Jehowy.