Intelligenzaktion).
Śmiertelność wśród więźniów wzrastała, co już w styczniu 1941 spowodowało zainstalowanie krematoriów. W lutym 1942 przeprowadzono pierwsze zagazowanie więźniów, prób tych dokonano na jeńcach radzieckich, których duże grupy dotarły tu w drugiej połowie 1941. Wśród wielu innych narodowości były tu również duże grupy Węgrów i Holendrów.
KL Mauthausen był również jednym z miejsc zagłady austriackich Żydów.
W obozie koncentracyjnym w Mauthausen oraz jego podobozie w Gusen naziści uwięzili również około 450 Świadków Jehowy.
Więźniowie tworzyli w ramach obozu ruch oporu.
Szczególnie ostatnie miesiące przed wyzwoleniem były dla więźniów wyjątkowo dotkliwe, co wiązało się z trudnościami Niemiec w kwestiach zaopatrzeniowych.
Przez obóz przeszło 195 500 więźniów, z czego – wedle bardzo zróżnicowanych szacunków – zmarło od 81 do 122 tys. Internetowa strona obozu podaje listę 81 tys.