Podczas pisania scenariusza Druckmann współpracował z Halley Gross. Fabuła była częściowo inspirowana jego doświadczeniami z dzieciństwa, które spędził na Zachodnim Brzegu Jordanu, gdzie przemoc była często spotykana. Gross czerpała inspiracje z zespołu stresu pourazowego, jakiego sama doświadczyła. Ashley Johnson i Troy Baker ponownie wcielili się w Ellie i Joela. Ellie stała się jedną z dwóch grywalnych postaci; w drugą, Abby Anderson, wcieliła się Laura Bailey. Zmiana perspektywy inspirowana była podobną zmianą w pierwszej części. Scenarzyści chcieli obnażyć słabości Abby, mając świadomość, że gracze początkowo ją znienawidzą; celem było, żeby pod koniec mogli się z nią utożsamiać.

Pracując nad grą twórcy wycisnęli maksimum możliwości sprzętowych z PlayStation 4, co pozwoliło na stworzenie większych lokalizacji i umieszczenie w nich większej liczby wrogów niż w części pierwszej. Usprawniona sztuczna inteligencja miała zapewnić nawiązanie bliższej więzi z postaciami – część elementów rozgrywki została zaprojektowana tak, żeby wzbudzać w graczu emocje wzmacniające tę więź. Part II początkowo miała być grą z otwartym światem, ostatecznie jednak zdecydowano się na bardziej liniowe podejście, żeby wzmocnić przekaz.