W tym okresie nastąpił szybki rozwój miasta, ponieważ szacuje się, że około 1570 roku Kowno mogło liczyć już ok. 5 tys. mieszkańcówAleksandras Vaskelis, Dainius Balciunas, Lokacja średniowiecznego miasta w Kownie, [w:] Procesy lokacyjne w Europie Środkowo-Wschodniej, Wyd. Uniwersytetu Wrocławskiego, Wrocław 2006, s. 49–53..
W drugiej połowie XVI wieku Kowno należało do powiatu kowieńskiego w województwie trockim, Mińsk 2002, s. 266–267..
W latach wolnej elekcji thumb|left|Kowno w XVII wieku (Tomasz Makowski) W 1581 Kowno otrzymało prawo składu. Od tego czasu miasto rozwijało się pomyślnie, mimo wybuchających raz po raz pożarów (1537, 1731), epidemii cholery i dżumy, a także powodzi. Miejsce obrad sejmików ziemskich powiatu kowieńskiego od XVI wieku do pierwszej połowy XVIII wiekuWojciech Kriegseisen, Sejmiki Rzeczypospolitej szlacheckiej w XVII i XVIII wieku, Warszawa 1991, s. 33.Na czas okupacji rosyjskiej w 1659 roku przeniesione do Gielnów.. W latach 1655–1661 miasto okupowały wojska moskiewskie, co spowodowało jego upadek. Zrujnowanie miasta było tak duże, że sejm w Warszawie w 1662 roku zwolnił Kowno na 10 lat z podatków. W celu rozwoju handlu, król Jan III Sobieski zezwolił na organizowanie w Kownie trzech dwutygodniowych jarmarków w roku. W latach 1701–1707 było okupowane przez wojska szwedzkie.