W zaborze rosyjskim thumb|Ratusz w Kownie w XIX wieku (Napoleon Orda) W czasie inwazji na Rosję w dniu 24 czerwca 1812 roku do Kowna ze swoją armią dotarł Napoleon Bonaparte i zajął kwaterę w klasztorze św. Krzyża (karmelitów). Następnie udał się po południu obejrzeć spalony most na Willi i obserwował przeprawę wpław na drugi brzeg szwadronu szwoleżerów gwardii Jana Kozietulskiego u jej ujścia do Niemna. W następnych dniach miasto zostało rozgrabione przez przechodzącą Wielką Armię. Po jej przejściu zlokalizowano w mieście magazyny żywności i uzbrojenia dla wojska oraz zbudowano reduty obronne. Ponownie Kowno ucierpiało podczas odwrotu wojsk Napoleona spod Moskwy w dniach 12 i 13 grudnia 1812 roku. Żołnierze francuscy i niemieccy dokonywali licznych rabunków, a następnie oddziały marszałka Neya odpierały w mieście rosyjskich kozakówDariusz Nawrot, Litwa i Napoleon, Wyd. UŚ, Katowice 2008, s. 174–177, 672.. Mieszkańcy Kowna aktywnie uczestniczyli w powstaniach narodowych, listopadowym (1830) i styczniowym (1863), co nie pozostało bez wpływu na stosunek władz rosyjskich do grodu nad Niemnem.