Pełnometrażowym debiutem reżyserskim Villarongi był W szklanej klatce (1986), który otrzymał wiele nagród i pochwał krytyki. Film opowiadał o sparaliżowanym byłym nazistowskim lekarzu, którym zaczyna zajmować się młody mężczyzna, będący jednym z dzieci, które tamten wykorzystał podczas wojny. W szklanej klatce ukazywał już tematy typowe dla późniejszej twórczości Villarongi: niespokojne dzieciństwo naznaczone przemocą i wczesne odkrycie seksualności.
Jego drugi film, Księżycowe dziecko (1989), opowiadał historię tytułowego dziecka, które jedzie do Afryki, aby dołączyć do plemienia oczekującego na przybycie białego dziecka Boga. W 1992 roku nakręcił film dokumentalny Al Andaluz, wyprodukowany przez Segetel i MoMa w Nowym Jorku. Przez kilka lat Villaronga bezskutecznie próbował znaleźć środki na adaptację powieści Mercè Rodoredy Muerte en Primavera. Zamiast tego musiał zadowolić się kilkomi projektami telewizyjnymi. Jednym z nich był El pasajero clandestino, ale brakowało mu jednak osobistych cech stylu Villarongi.