Pulikowski przyjechał do Polski w marcu 1934. Na decyzję wyjazdu z Niemiec wpłynęła przynależność Pulikowskiego do socjaldemokratycznego ruchu Vorwärts. Polskie obywatelstwo otrzymał 30 maja 1934. Na początku lipca 1933 rozpoczął pracę w Bibliotece Narodowej jako kierownik Działu Muzycznego. Od lipca 1933 brał udział w dyskusjach dotyczących powstania Instytutu Badania Pieśni Ludowych w Warszawie. Zaowocowały one powstaniem Centralnego Archiwum Fonograficznego. Najwięcej czasu poświęcał tam organizowaniu akcji zbierania polskich pieśni ludowych. Wypożyczał współpracownikom Centralnego Archiwum Fonograficznego, działaczom ludowym oraz studentom fonografy. W ten sposób zebrano 12 tys. nagrań. Był członkiem Towarzystwa Wydawniczego Muzyki Polskiej, gdzie od 1935 pełnił role zastępcy członka zarządu. Jesienią 1934 zaczął wykładać teorię muzyki, muzykologię porównawczą oraz paleografię muzyczną w Konserwatorium Muzycznym w Warszawie. W 1935 otrzymał venia legendi na Wydziale Humanistycznym UW. Habilitował się rok później u prof. Adolfa Chybińskiego pracą Historia pieśni ludowej w piśmiennictwie. Pulikowski planował także utworzenie na Uniwersytecie Warszawskim Instytutu Muzykologii. Udało się to w roku akademickim 1938/1939.