Napój został wspomniany w epopei Pan Tadeusz Adama Mickiewicza, a Jerzy Samp w Bedekerze gdańskim przytoczył legendę, zgodnie z którą do powstania wódki przyczynili się gdańszczanie zapychający złotymi monetami fontannę Neptuna. Nagromadzony kruszec spowodował uszlachetnienie wody i jej przemianę w wódkę, a przetworzenia monet w płatki złota dokonał swoim trójzębem Neptun z fontanny.
W czasie walk o Gdańsk w 1945 budynek, w którym produkowano Goldwasser, został zniszczony, a jego właściciele wywieźli receptury do Niemiec.
W czasach PRL trunek wytwarzał Polmos w Starogardzie Gdańskim. Następnie produkcję przeniesiono do Poznania, gdzie w 2008 zmieniono tradycyjny wzór etykiety i kształt butelki. W czerwcu 2009 wstrzymano produkcję likieru w Polsce, zachowując jednak prawa do znaku towarowego. Obecnie likier wytwarzany jest wyłącznie w Niemczech, jako Danziger Goldwasser, lub na zamówienie gdańskiej restauracji „Goldwasser” przy Długim Pobrzeżu. Właścicielem oryginalnej receptury jest Graf von Hardenberg, właściciel fabryki likierów w Niemczech (Hardenberg Wilthen AG)..