W 1929 roku wygrał konkurs na projekt munduru Bratniej Pomocy Polskiej Młodzieży Akademickiej. Był redaktorem artystycznym uczelnianego rocznika Alma Mater Vilnensis, w którym opublikował m.in. poemat w formie kazań o św. Franciszku z AsyżuAlma Mater Vilnensis, z. 8, Wydawnictwo Bratniej Pomocy Polskiej Młodzieży Akademickiej Uniwersytetu Stefana Batorego, Wilno 1929 s. 91,109..
W 1930 roku Cech św. Łukasza wydał swój rocznik pt. „Nasza Forma”, do którego Kowalski napisał kilka tekstów, gdzie wykładał swoje poglądy na sztukę i krytykował decyzje władz uczelni. Jego tezy spotkały się ze stosunkowo dużą krytyką na łamach Alma Mater Vilnensis oraz sprawiły, że popadł w konflikt z prof. Ferdynandem Ruszczycem. Na skutek tego wydarzenia w 1930 roku Zygmunt Kowalski przerwał studia na USB i przeniósł się na warszawską Szkołę Sztuk Pięknych, która słynęła z poglądów zbliżonych do tych prezentowanych przez Kowalskiego na łamach “Naszej Formy”Alma Mater Vilnensis z. 9, Wydawnictwo Bratniej Pomocy Polskiej Młodzieży Akademickiej Uniwersytetu Stefana Batorego, Wilno 1930 s. 92.Dariusz Konstantynów Cech św.