Reakcja kurii biskupiej obawiającej się rozszerzenia się buntu była stanowcza. Nowy biskup warmiński, którym został w tym czasie Philipp Krementz, zabronił studentom chodzenia na wykłady Menzla, a jego samego zwolnił ze stanowiska wykładowcy oraz suspendował, chociaż chwalił go jednocześnie jego wieloletnią i oddaną pracę na uczelni. 1 kwietnia 1871 samodzielną decyzją ministra edukacji Adalberta Falka, bez konsultacji z biskupem miejsca, Menzel został na prośbę Josepha Huberta Reinkensa, biskupa Kościoła Starokatolickiego w Bonn, przeniesiony na Wydział Teologiczny Uniwersytetu w Bonn, który stanowił wówczas centrum starokatolicyzmu w Niemczech. Tam został, mimo protestów, mianowany nie profesorem dogmatyki (choć stanowisko było wolne po odejściu prof. Dieringera), lecz profesorem historii Kościoła. Starokatolicy posiadali na uczelni większość blokującą (trzech profesorów z Menzlem), uniemożliwiając uzupełnienie składu kolegium, gdyż po stronie katolickiej był tylko 1 profesor zwyczajny, 2 nadzwyczajnych i 1 provatdocent. Ponadto zachowywali wpływ na obsadzenie urzędu dziekana, na który w semestrach: 1875/76, 1878/79, 1881/82, 1885/86 był wybrany Andreas Menzel.