Podobnie było podczas kolejnych pielgrzymek Jana Pawła II do Polski.
Do 1995 roku, 103 Pułk Lotniczy MSW samodzielnie zabezpieczał całą działalność lotniczą w resorcie, wykonując w pełnym zakresie również zadania policyjne. Od 1995 roku zaczęły powstawać lokalne ośrodki lotnicze Policji w Krakowie i Poznaniu. Funkcjonowanie pułku w strukturach MSW stawiało przed nim wiele zadań zarówno typowych dla lotnictwa wojskowego, jak i specyficznych, wynikających z usługowej roli w stosunku do służb resortu: Policji, Straży Granicznej, Państwowej Straży Pożarnej, BOR i Jednostek Nadwiślańskich, a także zadań na rzecz gospodarki narodowej i innych instytucji państwowych jak Sejm, Rada Ministrów oraz społeczności miasta Warszawy.
Dowódcy płk pil. Ryszard Karal, ppłk pil. Henryk Agnieszczak, płk pil. Bolesław Balwierczak, płk dypl. pil. Jan Urbaniak, płk pil. Józef Pęcko (1991–1992), płk dypl. pil. Zbigniew Mrozek (1992–2001).
Wypadki W dniu 12 listopada 1968 r. o godz. 18.46 w czasie kiedy pilot wykonywał lot po trasie śmigłowcem PZL SM-2 w NTWA (nocnych trudnych warunkach atmosferycznych), śmigłowiec zderzył się z ziemią w rejonie miejscowości Pokrzywnica. Zginęli wówczas: ppłk pil. Michał Grudziński i kpt. lek.