ostra reakcja USA i groźba wybuchu wojny nuklearnej spowodowały kryzys kubański, w wyniku którego Chruszczow polecił wycofanie rakiet z Kuby. W odpowiedzi, w mniej spektakularny sposób Amerykanie wycofali swoje rakiety z Turcji. Za jego czasów powstał też Mur Berliński i doszło do strącenia przez obronę powietrzną amerykańskiego samolotu zwiadowczego Lockheed U-2 nad Swierdłowskiem. Incydent doprowadził do zerwania planowanego spotkania z amerykańskim prezydentem Dwightem Eisenhowerem. Słynne jest też wystąpienie przed Zgromadzeniem Ogólnym Organizacji Narodów Zjednoczonych 12 października 1960, podczas którego uderzał trzymanym w ręku butem w mównicę, miotając obelgi.
Jego rządy zakończył spisek najbliższych współpracowników. Po odsunięciu od władzy mieszkał w daczy niedaleko Moskwy, dyktując swoje pamiętniki, które zostały potem opublikowane na Zachodzie.