Jak sam przyznawał, ze względu na mnogość grup biorących udział w wojnie, nie mógł zdecydować się, która z nich mu odpowiada.
W marcu 1918 roku, gdy rząd bolszewicki zawarł oddzielny pokój z państwami centralnymi, Niemcy zajęli Donbas a Chruszczow uciekł do Kalinowki. Pod koniec 1918 roku lub na początku 1919 został zmobilizowany do Armii Czerwonej, gdzie przydzielono mu stanowisko komisarza politycznego. Niedawno wprowadzony stopień komisarza politycznego był na ogół przydzielany działaczom robotniczym, a jego zadaniem było indoktrynowanie rekrutów w ideologii bolszewickiej oraz zwiększanie morale i gotowości bojowej wojska. W ramach szkolenia wojskowego przeszedł dwumiesięczny kurs polityczny. Wielokrotnie brał udział w bezpośrednich starciach. Po zdemobilizowaniu został przypisany jako komisarz do brygady pracy w Donbasie, gdzie on i jego ludzie żyli w ciężkich warunkach. Długotrwała wojna spowodowała rozległe zniszczenia i klęskę głodu. Jedną z ofiar była żona Chruszczowa, która zmarła na tyfus w Kalinowce w trakcie pełnienia służby wojskowej przez Nikitę. Komisarz wziął udział w pogrzebie i wierny swoim ateistycznym poglądom odmówił przejścia z trumną żony do lokalnego kościoła, który był jedyną drogą na cmentarz.