Po zadenuncjowaniu Tadeusza i rewizji domu Bagniewskich w Szczytach w styczniu 1943, aresztowano męską część rodziny. Gestapo w Radomiu poddało ich okrutnemu śledztwu i torturom. Bagniewski zachorował na tyfus. Wyrwany ze śledztwa dzięki przysłanej do więzienia paczcie z zakażoną żywnością, został przewieziony do szpitala. 11 listopada 1943 znalazł się w transporcie Polaków wiezionych do obozu koncentracyjnego w Auschwitz Birkenau. Bagniewski przeżył w obozie dzięki pomocy wuja - Adama Wisłockiego, który w obozie przebywał od lutego 1943 oraz dzięki zajęciu jakie dostał. Został ewakuowany 10 listopada 1944 w niemieckim marszu śmierci do dalszych obozów: Gross-Rosen, Buchenwald, Natzweiler, Dauterger, Dachau. Po wyzwoleniu obozu w Dachau przez Amerykanów powrócił skrajnie wycieńczony transportem zbiorowym do Polski.