5 maja 1998 r. został wymieniony przez FBI na liście dziesięciu najbardziej poszukiwanych osób.FBI: Eric Rudolph FBI uznało go za uzbrojonego i niezwykle niebezpiecznego i zaoferowało nagrodę w wysokości 1 miliona dolarów za informacje prowadzące do jego aresztowania. Przez ponad pięć lat Rudolph ukrywał się w lasach górskich regionów Appalachów. Schwytanie Rudolpha utrudniała znajomość przez niego technik survivalu Eric Rudolph Slept Here oraz poparcie miejscowej ludnościHow a fugitive turned into a folk hero in Appalachia. Rudolph został aresztowany w Murphy w Karolinie Północnej 31 maja 2003Finally caught: 5 year hunt for Eric Rudolph endsAtlanta Olympic bombing suspect arrested
W trakcie procesu wziął na siebie odpowiedzialność za przeprowadzone zamachy w celu uniknięcia kary śmierci. Odmówił jednak złożenia skruchy i przedstawił poglądy uzasadniające podjęcie działań terrorystycznychExcerpts from Eric Rudolph's statement. Rudolph odsiaduje wyrok dożywocia w więzieniu o maksymalnie zaostrzonym rygorze ADX Florence, w Kolorado. W więzieniu tym przebywają osoby uznawane za skrajnie niebezpieczne przez amerykańskie władze m.in. Ramzi Yousef oraz Timothy McVeigh, a w przeszłości także Ted Kaczynski.