Na czele Ligi stali nezjarcha (νησίαρχος, „władca wysp”) oraz rada. W przeciwieństwie do innych greckich związków, nie ma dowodów na istnienie w strukturach Związku Wyspiarzy zgromadzenia obywateli być może z uwagi na duże odległości dzielące poleis członkowskie.
Związek miał charakter silnie federalny, czego przykładem był fakt, że nadanie obywatelstwa przez któregokolwiek jego członka oznaczało automatycznie nadanie obywatelstwa we wszystkich pozostałych poleis członkowskich. Jakkolwiek nie istniała instytucja obywatelstwa Związku, to jednak sam Związek mógł nadać obywatelstwo obowiązujące na wszystkich wyspach członkowskich, podobnie jak prawa proksenii, prozodii i prawo azylu.
Centrum Związku w czasach Antygonidów i Ptolemeuszy była święta wyspa Delos, gdzie odbywały się doroczne święta i gdzie gromadził się synedrion (z wyjątkiem jednego znanego wyjątku, kiedy synedrion zwołano na Samos) i gdzie wydawano związkowe dekrety. W okresie rodyjskim, kiedy Delos nie było członkiem Ligi, synedrion zbierał się na wyspie Tenos.