7 sierpnia zarządził egzekucję dwóch prominentów getta: Moryca Kohna i Zeliga Hellera. W pierwszych dniach września osobiście dokonał „selekcji” żydowskich robotników pracujących na „placówkach” poza gettem; wielu wysyłał bezpośrednio na Umschlagplatz. Z kolei 6 września, podczas tzw. kotła na Miłej, przeprowadził „selekcję” pracowników żydowskich szpitali. Według Israela Gutmana:
19–20 sierpnia 1942 roku Brandt opuścił Warszawę, by pokierować likwidacją gett w miejscowościach podwarszawskich: Otwocku, Falenicy, Miedzeszynie i Rembertowie. 4 października 1942 roku osobiście nadzorował likwidację getta w Legionowie.
Od 12 września 1942 roku urzędował w tzw. Befehlstelle przy ul. Żelaznej 103. Jako kierownik Sonderkommando der Sicherheitspolizei-Umsiedlung sprawował niepodzielną władzę w warszawskim „getcie szczątkowym”. W piwnicach Befehlstelle przetrzymywano Żydów przyłapanych na próbie ucieczki z getta.