W 1661, za rządów Karola II, został uwięziony w związku z jednym ze spisków. W więzieniu w Plymouth podupadł na zdrowiu i załamał się psychicznie. Do końca życia cierpiał z tego powodu. Został wypuszczony z więzienia w 1662 i osiadł w Westminster, gdzie zmarł w 1677.
Filozofia polityczna Harrington jest jednym z najbardziej znanych przedstawicieli nowożytnego republikanizmu. Idee republikańskie stały się żywe w okresie angielskiej wojny domowej i były szeroko dyskutowane wśród przeciwników monarchii Stuartów. Harrington był jednym z ważnych głosów w tej dyskusji, obok takich autorów jak Thomas Hobbes (Lewiatan, 1651), Marchamont Nedham (The Case of the Commonwealth of England Staled, 1650 i The Excellency of a Free State, 1656), Henry Vane (A Healing Question, 1656), Richard Baxter (A Holy Commonwealth, 1659) czy John Milton (The Ready and Easy Way to Establish a Free Commonwealth, 1660).