Aktywnie współpracuje z grupami badawczymi z Japonii. W 2016 roku był wizytującym profesorem na Uniwersytecie Tohoku w Institute for Materials Research. Od 2017 regularnie pracuje na Uniwersytecie w Nagoi w zespole badawczym profesora Hiroshi Amano w Center for Integrated Research of Future Electronics (CIRFE), Institute of Materials and Systems for Sustainability (IMaSS). Współpracuje również z Tokyo University of Agriculture and Technology w Institute of Global Innovation Research (IGIR).
W latach 2004–2015 pracował w firmie TopGaN Sp. z o.o., rozwijającej technologie laserowe na GaN, gdzie był odpowiedzialny za realizację projektów naukowo-technologicznych i prace wdrożeniowe. Pełnił rolę wiceprezesa od 2008 roku.
Od 2023 jest dyrektorem Instytutu Wysokich Ciśnień Polskiej Akademii Nauk.
Działalność badawcza i praca naukowa Prof. Michał Boćkowski jest autorem ponad 350 publikacji naukowych, cytowanych ponad 5700 razy. Wyniki swojej pracy badawczej prezentował na ponad 100 konferencjach międzynarodowych, z czego wygłosił osobiście ponad 60 referatów zaproszonych. Organizator, współorganizator i członek Komitetów Programowych prestiżowych międzynarodowych konferencji z dziedziny fizyki i technologii wzrostu kryształów, m.in.