wśród dziewiętnaściorga członków założycieli było 18 mężczyzn i jedna kobieta. W 1870 włączono doń Towarzystwo Badań Naukowych w Lyonie (fr. Société d’études scientifiques de Lyon), a w 1922 Lyońskie Towarzystwo Botaniczne (fr. Société botanique de Lyon) i Lyońskie Towarzystwo Antropologiczne (fr. Société d’anthropologie de Lyon).
Obecnie (2023) Towarzystwo składa się z sześciu sekcji: biologii ogólnej, botaniki, nauk o Ziemi, entomologii, mykologii i alpinariów. Sekcje odbywają comiesięczne posiedzenia lub wspólne wycieczki terenowe. Według stanu na 1 IX 2015 Towarzystwo liczyło 442 członków indywidualnych (członkami są też inne towarzystwa naukowe). Towarzystwo wydaje publikacje książkowe oraz biuletyn (od 2016 pod nazwą Bulletin de la Société linnéenne de Lyon), zamieszczający recenzowane prace naukowe, sprawozdania z posiedzeń i wycieczek (np. listy gatunków roślin, napotkanych w odwiedzanych miejscach), recenzje książek i bieżące ogłoszenia.
Od 1920 działa urząd mykologiczny (fr. office mycologique) – cotygodniowy dyżur mykologa, który bezpłatnie oznacza przyniesione grzyby;