W roku 1417 swój początek mają ruchy husyckie. Tego roku Oldřich z Rožmberka nakazał księżom ze swoich posiadłości, aby ci udzielali Komunii sub utraque specie. Idąc więc pierwotnie w kierunku tychże ruchów, w 1420 r. poparł w końcu stronę katolicką z Zygmuntem Luksemburskim na czele. Wiosną 1420 r. zakonnicy wyjechali do bezpiecznego klasztoru franciszkańskiego w Český Krumlov; od jesieni w klasztorze w Vyšším Brodzie stacjonował garnizon wojsk szlachcica zarządzającego zahipotekowanym majątkiem. W 1422 r. doszło do starcia z husytami, i chociaż napastnicy przegrali, zdołali oni podpalić dach kościoła klasztornego. W następnym roku husyci zaatakowali natomiast klasztorne Hořice.
Po sześciu latach przebywania w schronieniu mnisi powrócili do swojego opactwa. O wsparcie finansowe, na odbudowę będącego w złym stanie klasztoru, opat Zygmunt Pirchman starał się na soborze w Bazylei, parę lat później próbował znaleźć je w Wiedniu, obie te próby skończyły się jednak ostatecznie niepowodzeniem. Na wspomnianym soborze wybrano parę lat później antypapieża Feliksa V, którego poparł opat Zikmund, po jego ustąpieniu ponownie uznał natomiast władzę Eugeniusza IV.