Położenie Kaplica Rothko leży w międzywojennej dzielnicy bungalowów z lat 20. XX wieku w Houston. Od strony zachodniej do kaplicy przylega Menil Park. Na wschód od kaplicy znajduje się kampus Uniwersytetu św. Tomasza. Teren, na którym znajduje się Kaplicy Rothko, jest ograniczony od północy przez Sul Ross Avenue, od wschodu przez Yupon Street, a od południa przez Branard Avenue. Naprzeciwko kaplicy od strony Sul Ross Avenue znajduje się siedziba biura Fundacji Rothko Chapel i centrum informacji Rothko Chapel Welcome House.
Historia Kaplica Rothko została nazwana na cześć amerykańskiego malarza abstrakcyjnego ekspresjonisty Marka Rothko, który stworzył zestaw czternastu dużych obrazów, które miała zawierać kaplica. Kaplica została zaprojektowana pod kierownictwem Rothko, początkowo przez architekta Philipa Johnsona (od 1964 do 1967 roku) oraz, po jego rezygnacji, przez architektów Howarda Barnstone'a i Eugene'a Aubry'ego (od 1967 do 1971 roku).