Wiceregent Albanii 12 kwietnia 1939 koronę Albanii otrzymał Wiktor Emanuel III. 11 dni później funkcję wicekróla (luogotenente generale) sprawującego kontrolę nad włoskim aparatem administracyjnym objął Jacomoni. Funkcję tę pełnił do marca 1943. Jacomoni konsultował projekt statutu ziem albańskich, opracowanego w Rzymie. Nie był jednak zwolennikiem powstania Albańskiej Partii Faszystowskiej i nie podejmował działań, aby ją wspierać. Był sceptyczny wobec uderzenia włoskiego na Grecję w październiku 1940, ale podjął działania na rzecz mobilizacji albańskiej opinii publicznej po stronie Włoch. Po połączeniu Kosowa z Albanią w 1941 Jacomoni odpowiadał się za wprowadzeniem reform, nadającym większą autonomię lokalnym władzom albańskim. Pogarszająca się sytuacja społeczno-gospodarcza w Albanii w latach 1942-1943 skłoniła Jacomoniego do rezygnacji ze stanowiska w lutym 1943 (16 marca 1943 zakończył swoją misję). Ciano był przekonany, że usprawnienie administracji włoskiej w Albanii wymaga zastąpienia Jacomoniego wojskowym, który wprowadzi rządy twardej ręki. 5 listopada 1943 po powrocie do Rzymu, Jacomoni przeszedł na emeryturę.