Szereg mediów, w tym Telewizja Polska; a także historycy Karol Nawrocki (prezes IPN), Marek Lasota (dyrektor Muzeum AK), Rafał Łatka, Paweł Skibiński, watykanista Michał Kłosowski oraz biskupi: Grzegorz Ryś, Wacław Depo, Marek Jędraszewski oraz kardynał Konrad Krajewski zarzucili Overbeekowi nierzetelność, błędy metodologiczne, fałsz oraz opieranie się na dokumentach wytworzonych przez Służbę Bezpieczeństwa. Dziennikarze „Rzeczpospolitej” Tomasz Krzyżak i Piotr Litka stwierdzili, że na podstawie dokumentów zgromadzonych w IPN nie da się zarzucić Janowi Pawłowi II celowego krycia pedofilów w czasie, gdy był on arcybiskupem archidiecezji krakowskiej. Publikacja Ekke Overbeeka spotkała się również z krytycznym przyjęciem w holenderskim chrześcijańskim dzienniku „Nederlands Dagblad”.
Ekke Overbeek odpierał te zarzuty; twierdził, że materiały wytworzone przez Służbę Bezpieczeństwa stanowią główny zasób archiwalny IPN i są materiałem źródłowym do badań historycznych. Z uwagi na nastroje społeczne wokół publikacji, planowane na marzec 2023 spotkanie autorskie z Overbeekiem w Krakowie zostało odwołane przez organizatorów z obawy o bezpieczeństwo.