Askospory łódeczkowate, gładkie do drobno brodawkowatych, bez przegrody lub z jedną przegrodą na środku lub blisko środka, z wypustkami na każdym końcu lub bez, o długości do 1 µm i wymiarach (8)10–14(15) x (2,5)3–4 (4,5) um Anamorfa Konidiofory rozgałęzione, z komórkami konidiotwórczymi w okółkach po 2–4, z których każdy ma 1 miejsce konidiogenne tworzące do 50 zlepionych konidiów. Są elipsoidalne do jajowatych, równoboczne, bez przegród, (5)9–14(17) x 3–5(7). Tworzy także niemal kuliste, żółte chlamydospory o ściankach do 2 µm grubości, o średnicy (8,5)10–15 µm, z wypukłościami do 1–1,5 µm wysokości. Gatunki podobne Podgrzybnica złotopylna (Hypomyces chrysospermus) różni się większymi chlamydosporami (9-20 µm) i większymi zarodnikami (13-25 µm x 4-6 µm) oraz morfologią anamorfy.
Występowanie i siedlisko Podano stanowiska podgrzybnicy drobnozarodnikowej w Ameryce Północnej i Południowej, Europie, Australii, w Japonii, na Tasmanii i Nowej Zelandii. W Polsce podano stanowiska tego gatunku w 2020 r.
Grzyb nagrzybny, pasożyt grzybów z rodziny borowikowatych.