Od 1928 r. należał stowarzyszenia katolickiego ruchu młodzieżowego Bund Neudeutschland i w latach 1932–1933 prowadził grupę młodzieżową w północnej Badenii. Po przejęciu władzy przez narodowych socjalistów Bund Neudeutschland był początkowo chroniony przez konkordat, ale w 1939 r. został zdelegalizowany. Podczas studiów nawiązał bliską przyjaźń z filozofem Maxem Müllerem. Od 1933 r. był członkiem Narodowosocjalistycznej Niemieckiej Ligi Studentów, od 1934 roku członkiem SA, a w 1937 r. wstąpił do NSDAP (wniosek o przyjęcie złożył w 1933 r.).
W 1940 r. zgłosił się na ochotnika do służby w marynarce wojennej. W marcu 1943 r., po ukończeniu kursu oficerskiego, został zwolniony z Wehrmachtu i mianowany sędzią morskim dla obszaru Morza Północnego. W swojej karierze Filbinger był sędzią w 169 procesach, a prokuratorem w 63, z czego co najmniej 4 procesy dezerterów zakończyły się karą śmierci. Pod koniec wojny został wzięty do niewoli przez Brytyjczyków w Oslo. Ponieważ utrzymali oni niemiecką jurysdykcję wojskową nad niemieckimi jeńcami, do lutego 1946 r. nadal sprawował urząd sędziego marynarki wojennej. Po powrocie do Niemiec osiadł we Fryburgu Bryzgowijskim jako prawnik i nadal poświęcał się karierze akademickiej, m.in. zajmował się zagadnieniami prawa korporacyjnego i kartelowego. W 1947 r.