Być może na początku XVI w. na miejsce dawnego klasztoru ponownie sprowadzono mnichów. Stało się to po tym, gdy na mocy traktatu kończącego wojnę litewsko-moskiewską miasto Czernihów i ziemia czernihowska przeszły pod władzę Moskwy. W 1611 r., podczas Wielkiej Smuty, Czernihów został spalony przez wojska polskie pod dowództwem Samuela Hornostaja. Wówczas mnisi porzucili zniszczony klasztor i powrócili do Moskwy.

Na mocy rozejmu w Dywilinie Czernihów znalazł się w granicach Korony Królestwa Polskiego. W 1623 r. Monaster Jelecki został odremontowany i przekazany mnichom unickim (bazylianom). Jego przełożony Cyryl Trankwillion Stawrowiecki w 1646 r. wydał w klasztornej drukarni pierwszą w Czernihowie księgę – zbiór wierszowanych kazań Perła drogocenna (Perło mnogocennoje)M. Kuczyńska, Cyryl Trankwillion Stawrowiecki w dialogu z Europą, [w:] red. B. Krysa, D. Syrojid, Kyryło Trankwilion Stawrowećki – Propowidnyk Słowa Bożoho, Lwiw 2017..

W toku powstania Chmielnickiego Rzeczpospolita straciła faktyczną kontrolę nad Czernihowem. W 1648 r. monaster przestał funkcjonować;