19 września 1952 została aresztowana w swoim domu przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa pod zarzutem działalności szpiegowskiej. Powodem była zagraniczna paczka wysłana na jej adres przez brata Józefa dla ks. Józefa Fudalego, wówczas wikarego w Liszkach. Stefanię przewieziono do więzienia na Montelupich w Krakowie, gdzie była torturowana. W tym czasie aresztowano też jej siostrę Stanisławę Kowalik wraz z mężem Adamem. W czasie pokazowego procesu, który w dniach 21–27 stycznia 1953 r. odbywał się w hali widowiskowej Zakładów Szadkowskiego, oskarżał ją, jak i innych sądzonych, naczelny prokurator wojskowy Stanisław Zarakowski. Nigdy nie przyznała się do winy. Mimo to Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie pod przewodnictwem Mieczysława Widaja skazał ją na 6 lat więzienia. Karę odbywała w więzieniu w Fordonie, gdzie pracowała w szwalni. Zwolniona w 1956 r. na mocy amnestii.
7 października 1957 wyszła za mąż za Wacława Szaconia, byłego żołnierza Armii Krajowej, również więźnia politycznego w latach 1949–1956. Mają czworo dzieci. W 1979 po 30 latach rozłąki, spotkała się z bratem Janem Szponderem. W 2009 została odznaczona Złotym Krzyżem Zasługi.