W 1580 roku kościół został inkastelowany przez opata Józefa Wereszczyńskiego. W 1682 roku kościół i klasztor spłonęły.
Obecne barokowe zabudowania klasztorne pochodzą z lat 1733-1767. W 1780 roku wybudowano refektarz, natomiast pałac opacki w 1800 roku. Z kolei barokowy kościół był wznoszony w latach 1739–1770 pod nadzorem opata Józefa Kurdwanowskiego i opata Wawrzyńca Bułharewicza, a prace wykończeniowe prowadził opat Leonard Prokopowicz. Dzięki niemu w latach 1769–1779 na wewnętrzne ściany świątyni trafiły malowidła.
Z klasztoru pochodził Mikołaj Stanisław Kieszkowski, jeden z najwybitniejszych polskich benedyktynów epoki nowożytnejChwaliszewski M., Żywot i cuda wielebnego Sługi Bożego O. Bernarda z Wąbrzeźna..., Poznań 1881, s. 197-209.
W 1819 roku klasztor został skasowany przez władze rosyjskie, a cały jego majątek, z wyjątkiem samych zabudowań, suprymowano na rzecz trzech nowych biskupówHalina Stróżewska, Marek Bielski, Szlakiem Jana z Czarnolasu.KAW Łódź 1982, s.28.. W latach 1879–1884 świątynia została odnowiona i przywrócona do użytku, lecz już jako kościół parafialny. Wówczas rozebrano też prawdopodobnie część południową klasztoru, pozostawiając jedynie kamienny mur, który łączył dawne skrzydło wschodnie z przeoratem.