Gdy po wybuchu powstania warszawskiego okazało się, że jest odcięta od swoich wytwórni, „Janka” zgłosiła się do zgrupowania mjr. Stefana Orlewicza „Podoskiego”, gdzie przybrała pseudonim „Bohdanowa”. Została przydzielona do oddziału produkującego materiały wybuchowe przy ul. Kruczej. Po pewnym czasie został on przeniesiony do gmachu Biblioteki Publicznej przy ul. Koszykowej. Po upadku powstania wyszła z ludnością cywilną. Trafiła do Krakowa, następnie do Rabki.
Wiosną 1945 roku Janina Szabatowska udała się na Śląsk, gdzie uzyskała koncesję na tymczasowe zabezpieczenie fabryki spożywczej w Bytomiu. W październiku tego roku wydzierżawiła tę fabrykę i przekształciła ją w Laboratorium Chemiczno-Kosmetyczne „Solly”. Będąc udziałowcem spółki powstałej w celu zarządzania laboratorium, kierowała jego produkcją do czasu likwidacji fabryki w 1948 roku. Wyjechała wtedy do Warszawy, gdzie w styczniu 1949 roku podjęła pracę w Głównym Instytucie Chemii Przemysłowej (w 1951 roku przekształconym w Instytut Chemii Ogólnej) na stanowisku kierownika sprawozdawczości w dziale planowania, od 1953 roku – w dziale dokumentacji i informacji naukowo-technicznej, a od 1961 roku – na stanowisku adiunkta.