W lipcu 1487 nominat Torquemady Juan de Epila objął swoją funkcję. Do tego czasu większość judeokonwertytów zdążyła wyjechać z miasta, toteż w ciągu pierwszych 20 lat działania nowego trybunału najczęściej ogłaszanymi wyrokami były zaoczne potępienia. Do roku 1510 liczba konwertyckich rodzin w Katalonii spadła z ok. 600 do 57, z czego większość była zubożała na skutek licznych procesów i konfiskat. Jeden z ostatnich większych procesów judeokonwertytów odbył się w 1523/24, ale dotyczył mieszkańców Perpignan, a nie samej Barcelony.
Wobec zaniku społeczności katalońskich marranów, trybunał barceloński zwrócił się w kierunku pilnowania prawowierności rdzennych Katalończyków. W 1524 trybunał w Barcelonie, wraz z trybunałami z Saragossy i Walencji, uzyskał przywilej sądzenia za sodomię (przez co rozumiano wówczas homoseksualizm i zoofilię). Do roku 1640 barceloński trybunał skazał na stos 5 “sodomitów”, a 53 skazał na galery. W 1549 inkwizytorzy Barcelony kierowali jednym z nielicznych w Hiszpanii polowań na czarownice. W jego wyniku 6 kobiet spalono na stosie. Wyroki te spotkały się jednak z dezaprobatą Rady Najwyższej i Generalnej Inkwizycji (Supremy), która zdymisjonowała inkwizytora Sarmiento.