W latach 50. władze albańskie całkowicie przejęły kontrolę nad islamskimi związkami wyznaniowymi oraz wyeliminowały duchownych przeciwnych polityce Envera Hodży; podobne kroki podjęto w przypadku duchownych Autokefalicznego Prawosławnego Kościoła Albanii. Głównym obiektem prześladowań był jednak Kościół rzymskokatolicki, ponieważ był dobrze zorganizowany oraz utrzymywał bliskie relacje z Watykanem; w latach 1945–1953 zmniejszono liczbę kościołów rzymskokatolickich z 253 do 100, a katolików piętnowano jako faszystów, mimo że wśród kolaborantów z włoskimi władzami katolicy stanowili mniejszość. W 1955 roku wprowadzono podatek katastralny dla związków wyznaniowych.
Po zerwaniu stosunków Albanii ze Związkiem Radzieckim w 1961 roku odbył się IV Zjazd Albańskiej Partii Pracy; nasiliła się również propaganda antyreligijna, wydano kilkadziesiąt książek oraz publikacji propagujących walkę przeciwko religii oraz zakazano organizowania uroczystości religijnych, uważanych przez władze za zacofane zwyczaje;