W innej, wydanej rok wcześniej pracy Parteniusz nazywał język macedoński dolnobułgarskim, a sam region Macedonii określił mianem Starej Bułgarii.
W 1861 r. metropolita salonicki Neofit oskarżył Parteniusza o działanie na szkodę Patriarchatu Konstantynopolitańskiego. W 22-punktowym spisie zarzutów, jaki przedstawił kościelnemu Synodowi, znalazło się usuwanie języka greckiego ze świątyń i siłowe wprowadzanie cerkiewnosłowiańskiego. Ostatecznie w 1867 r. Parteniusz został usunięty z katedry.
W 1869 r. objął katedrę niszawską i pirocką jako biskup Egzarchatu Bułgarskiego. Rezydował w Pirocie. Tam również działał na rzecz organizacji szkół słowiańskich. W 1874 r. z powodu złego stanu zdrowia odszedł w stan spoczynku i zamieszkał w Konstantynopolu. Według innego źródła został odwołany z katedry, gdyż niezadowolenie budziła jego postawa wobec serbskich wiernych żyjących w eparchii, których starał się bułgaryzować. W Konstantynopolu dwa lata później zmarł i został pochowany w sąsiedztwie bułgarskiej cerkwi św. Szczepana.