Przystąpił do socjalistycznej partyzantki jugosłowiańskiej we wrześniu 1941 r. Wspólnie z Michajłą Apostołskim tworzył oddziały partyzanckie w Macedonii Wardarskiej. We wrześniu 1941 został członkiem Regionalnego Sztabu Wojskowego Macedonii. Od wiosny 1943 był komisarzem politycznym w Sztabie Głównym Narodowyzwoleńczej Armii i Partyzanckich Oddziałów Macedonii. Po utworzeniu Komunistycznej Partii Macedonii w marcu 1943 został wybrany członkiem jej Komitetu Centralnego. Był delegatem na drugie spotkanie Antyfaszystowskiej Rady Wyzwolenia Narodowego Jugosławii. Uczestniczył w pierwszym, założycielskim posiedzeniu Antyfaszystowskiej Rady Wyzwolenia Narodowego Macedonii (ASNOM) w Prespie w pierwszych dniach sierpnia 1943 r. Było na nim obecnych 35 macedońskich działaczy komunistycznych. Na posiedzeniu podjęto decyzje o przekształcaniu istniejących w Macedonii oddziałów partyzanckich w bataliony i brygady. Postanowiono również bardziej stanowczo wystąpić przeciwko macedońskim tendencjom autonomistycznym, na rzecz wzmacniania dążeń do budowy wspólnego państwa jugosłowiańskiego z udziałem Macedonii. Cwetko Uzunowski został członkiem Komitetu Inicjatywnego ASNOM, który miał pełnić funkcję tymczasowego rządu przyszłej jugosłowiańskiej i socjalistycznej Macedonii. W październiku 1943 r.