Szkołę ukończył po dwóch latach nauki z tytułem technika budowy maszyn. Na jesieni 1942 Niemcy zgodzili się na uruchomienie dwuletniej Państwowej Wyższej Szkoły Technicznej (Staatliche Höhere Technische Fachschule) z polskim językiem wykładowym. Intencją Niemców było stworzenie kadr inżynierskich przeznaczonych do zagospodarowania zdobywanych terenów na wschodzie Związku Sowieckiego. Sławomir Biskupski ukończył Wyższą Szkołę Techniczną w 1944. Jedocześnie pracował jako pomocnik kreślarza w warszawskiej filii Ost-Energie AG, niemieckiej firmy rozprowadzającej gaz ziemny. Legitymacja służbowa stanowiła pewne zabezpieczenie przed aresztowaniem i wywiezieniem na roboty przymusowe do Niemiec.
W tym czasie Sławomir Biskupski rozpoczął działalność konspiracyjną. Został żołnierzem Armii Krajowej (ps. Tomek), ukończył tajną szkołę podchorążych otrzymując stopień kaprala i tytuł podchorążego. Został dowódcą sekcji (drużyny) plutonu IV kompanii B-3 batalionu „Bałtyk” pułku dyspozycyjnego Komendy Głównej AK „Baszta”. Terenem działania pułku w czasie przewidywanego powstania miał być Górny Mokotów, obszar ograniczony od północy ulicą Narbutta, od południa terenem Wyścigów Konnych.