dno morza porastane przez murawy gatunku Posidonia oceanica oraz acetabularię, piaszczyste wydmy z rzadkim pankracjum nadmorskim, roślinność bagienną – głównie na obszarze jeziora Keri – gdzie oprócz trzciny pospolitej i sitowca nadmorskiego znaleźć można też rzadką na tym terenie kłoć wiechowatą, skaliste wybrzeża porastane przez rośliny chasmofityczne, np. starca popielnego, makię z jałowcem fenickim, pistacją kleistą i szarańczynem strąkowym.
Na terenie parku wykazano obecność 53 ważnych gatunków roślin, w tym 18 greckich endemitów, 7 subendemitów oraz 3 gatunków, które nie występują nigdzie indziej poza Zakintos – Asperula naufraga, Limonium phitosianum i Limonium zacynthium.
Zarządzanie thumb|left|Oznaczone i wygrodzone gniazdo Caretta caretta (2010) Dla zachowania wartości ekologicznej oraz w celu ochrony występujących na tym terenie gatunków, w tym zagrożonych, obszar zatoki Laganas podzielony jest na trzy strefy, w których obowiązują następujące ograniczenia: