Do jego dyspozycji planowano wydzielić około 50 okrętów i 30 samolotów patrolowych lotnictwa bazowego z sił morskich Portugalii, Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii. Siły te miały być wzmacniane przez wydzielone siły morskie Hiszpanii.
We wrześniu 1999 wprowadzono zmiany w strukturze dowodzenia NATO. Pośrednie Wyższe Podporządkowane Dowództwa (MSCs) zastąpiono Regionalnymi Dowództwami. Najniższe w hierarchii – Główne Podporządkowane Dowództwa (PSCs) przemianowano na Subregionalne Dowództwa (Dowództwa Komponentów i Połączone Dowództwa Subregionalne). Nowa struktura nadal opierała się na geograficznym podziale obowiązków. Dowództwo Sił Sojuszniczych Iberyjskiego Rejonu Atlantyku AF IBERLANT przekształcono w Regionalne Dowództwo RC SOUTHLANT.
Po gruntownej reformie systemu dowodzenia NATO w 2003 i przemianowaniu Naczelnego Dowództwa Połączonych Sił Sojuszniczych NATO Atlantyku ACLANT na Sojusznicze Dowództwo ds. Transformacji ACT, RC SOUTHLANT zostało podporządkowane dowódcy Sojuszniczemu Dowództwu Operacji ACO w Europie. W 2004 zostało przemianowane na Połączone Dowództwo w Lizbonie (Joint Headquarters Lisbon – JHQ Lisbon). Głównym zadaniem dowództwo w Lizbonie było zapewnienie operacyjnego dowodzenia powołanym na szczycie w Pradze w 2002 Siłom Szybkiego Reagowania NATO.