24 czerwca 1940 trafił wraz z rodziną do Portugalii. Udało się to dzięki portugalskiemu konsulowi generalnemu w Bordeaux, Aristidesowi de Sousie Mendesowi, który mimo braku zgody rządu w Lizbonie, wydał im wizy. Początkowo mieszkał w Figueira da Foz. Wybrano go na reprezentanta miejscowych uchodźców wobec lokalnych władz. 14 sierpnia został mianowany delegatem rządu RP (później Ministra Opieki Społecznej) ds. opieki społecznej w Lizbonie. Do jego obowiązków należała opieka nad Polakami w Portugalii, organizowanie ewakuacji cywilów oraz działania na rzecz zwolnienia Polaków internowanych w Hiszpanii. W październiku 1940 stanął na czele Komitetu Pomocy Uchodźcom Polskim w Portugalii. Dzięki jego przynoszącym efekty wysiłkom w ewakuacji Polakom z Portugalii, władze w Lizbonie zaczęły życzliwiej traktować uchodźców oraz wyrażać zgodę na przyjmowanie kolejnych fal uciekinierów. Organizował także wysyłki do okupowanej Polski paczek – od marca 1941 do lipca 1944 nadano blisko 600 tys. paczek z żywnością, kilkadziesiąt ton odzieży. Przez ten czas ewakuowano także 6000 cywilów. Po lądowaniu aliantów we Francji, w sierpniu 1944 zredukowano personel placówki. Jednocześnie przeniesiono gros jego wysiłków na poszukiwania osób zaginionych. Podczas powstania warszawskiego bez powodzenia próbowano wysyłać lekarstwa do Warszawy.