Czasy okupacji hitlerowskiej i sowieckiej odcisnęły swoje piętno także na polskich karmelitach. Jakkolwiek większość budynków klasztornych została przejęta przez władze okupacyjne, zakonnicy na miarę możliwości posługiwali wśród wiernych, często narażając swoje życie. Wielu z nich zostało zamordowanych, wśród nich bł. Alfons Maria Mazurek. Po wojnie część klasztorów znalazła się na terenie Związku Sowieckiego, co uniemożliwiło wznowienie w nich życia zakonnego. Prowincjałem został o. Józef Prus, który mając świadomość zmian politycznych i terytorialnych dążył do fundowania nowych konwentów oraz klasztorów karmelitanek bosych m.in. w Łodzi czy Wrocławiu. W 1949 roku powstał również polski klasztor w Stanach Zjednoczonych, który stał się silnym ośrodkiem polonijnym. Nowym wymiarem posługi w okresie powojennym było przejmowanie w zarząd parafii oraz prowadzenie katechezy wśród dzieci i młodzieży. W 1970 roku założono misję w Burundi, a w 1983 roku w Rwandzie. Od 1990 roku karmelici posługują w krajach byłego Związku Sowieckiego. Już po 2000 roku rozpoczęto działalność na Słowacji.
W wyniku podziału prowincji na dwie nowoutworzona prowincja krakowska obejmuje głównie klasztory w południowo-wschodniej Polsce.